黄连，在《神农本草经》中列为“上品”，民间亦有“良药苦口数黄连”一说，可见其药效之佳，其味之苦。黄连用的是植物的干燥根茎，秋季采收后，除去杂质，润透后切片，晾干即可。
黄连的别名还有很多：王连、支连、云连、雅连、川连、味连、鸡爪连等，黄连的品种大致分为三类，“味连”多集聚成簇，常弯曲，形如鸡爪，单枝根茎长3～6cm，直径0.3～0.8cm，有的节间表面平滑如茎杆，习称“过桥杆”，味极苦，属优级；“雅连”多为单枝，略呈圆柱形，微弯曲，长4～8cm，直径0.5～1cm，“过桥”较长，比较常用；“云连”弯曲呈钩状，多为单枝，较细小。
生黄连性寒味苦，具有清热燥湿，泻火解毒，杀虫的功效。主要用于多种湿热病证，尤以湿热下痢、呕吐最为常用。湿热泻痢轻症，单用即有效。若泻痢后重者，与木香配伍使用，如《兵部手集方》香连丸；泻痢初起，身热而兼见表证者，常与葛根、黄芩配伍使用，如《伤寒论》葛根黄芩黄连汤；若呕吐吞酸，舌红口臭而胁痛者，常与吴茱萸配用，如《丹溪心法》左金丸。此外，还可用于高热，烦躁神昏等心火亢盛之证，如《外台》黄连解毒汤；若阴血不足，水亏火炎者，又可配阿胶、鸡子黄，如《伤寒论》黄连阿胶汤；心火旺而见吐衄者，则可配大黄、黄芩，如《金匮要略》泻心汤。
本品生用大苦大寒，清热燥湿作用胜于黄芩，长于清胃肠湿热，泻心和肝、胃之火，可用于湿热痞满，泻痢，黄疸，高热神昏，心火亢盛，心烦不寐，血热吐衄，目赤，牙痛，消渴，痈肿疔疮；外治湿疹，湿疮，耳道流脓等。清热解毒泻火多生用；清湿热、止呕吐时多姜汁炒用。
炮制姜黄连：取净黄连，照姜汁炙法炒干，每kg黄连，用生姜12.5kg。姜黄连清胃和胃止呕，用于寒热互结，湿热中阻，痞满呕吐等。
炮制酒黄连：取净黄连，照酒炙法炒干，每kg黄连，用黄酒12.5kg。酒黄连善清上焦火热，用于目赤，口疮等。
炮制萸黄连：取吴茱萸加适量水煎煮，煎液与净黄连拌匀，待液吸尽，炒干，每kg黄连，用吴茱萸10kg。萸黄连舒肝和胃止呕，用于肝胃不和，呕吐吞酸等。
还有盐黄连、清炒黄连等等......
现代医学研究证明：黄连主要有效成分为小檗碱（黄连素），其次为黄连碱，甲基黄连碱，掌叶防己碱等。黄连抗菌谱较广，对痢疾杆菌作用最强，优于磺胺；对金黄色葡萄球菌、肺炎双球菌、脑膜炎球菌、白喉杆菌、链球菌、结核杆菌也有较显著的抑制作用。对各种流感病毒，及常见致病性真菌也有较强的抑制作用。小檗碱能增强白细胞及肝脏网状内皮系统的吞噬能力，可引起血压下降，降压与血管扩张有关，对血管平滑肌有松弛作用，但对子宫、膀胱、支气管、肠胃道平滑肌等都具有兴奋作用，能增加胆汁形成，使胆汁变稀，而有较好的利胆作用。故很多中医大家认为，继“青蒿素”后再容易获得发掘的就是“黄连素”。
现在实验和临床研究还发现：长期服用黄连制剂，如黄连解毒汤，对老年性痴呆有防治作用，可以控制病情发展，能抑制兴奋、不安和行动异常，这可能是防止微细脑血管阻塞的作用。动物实验表明，黄连解毒汤有氯丙嗪样镇静作用，对大脑边缘系统有作用；对容易发生脑卒中的自发性高血压大鼠能预防卒中的发生。
应当指出的是：黄连虽是无毒之良药，能解除多种疾病的痛苦，但本品大苦大寒，多用2~8个，不宜过量或长久服用；尤其是脾虚胃寒者，尤应慎用。有趣的是，实验临床结果显示：单味黄连的抗药性远较复方大，而抗菌力量复方远大于单味药，故提示我们使用本品时宜复方配伍应用。